BP3M yang merupakan kepanjangan dari Biro Penelitian, Publikasi, dan Pengabdian Masyarakat ( dulunya disebut LPPM ) berada di bawah Pembantu Rektor V bidang Penelitian dan Pengabdian Masyarakat. Biro ini dibentuk pada tanggal 15 Maret 2010 berdasarkan atas Keputusan Rektor No. 155/Kep./Rek./3/2010 tentang Pembentukan Pusat Penelitian, Publikasi dan Pengabdian Masyarakat di lingkungan Pembantu Rektor V.  Tugas BP3M secara umum adalah mengembangkan sistem informasi penelitian, pengabdian masyarakat dan publikasi, melakukan koordinasi serta fasilitasi proposal penelitian dan kerjasama dengan pihak-pihak eksternal. Selain itu, BP3M juga menyelenggarakan pelatihan peningkatan keterampilan penelitian dan publikasi dosen secara berkala.

Pusat Penelitian & Studi Gender (PPSG) adalah pusat studi yang bersifat interdisiplin dari perspektif gender yang didirikan pada tahun 1996.  Pusat studi ini  memfokuskan perhatian pada isu relasi  perempuan dan laki-laki,  anak dan keluarga  dari berbagai bidang dalam pembangunan.

Visi PPSG adalah mengembangkan kajian intelektual kritis terhadap teori dan penelitian, dalam pengembangan ilmu yang berperspektif gender dalam rangka mewujudkan pembangunan yang berwawasan keadilan, perdamaian, dan keutuhan ciptaan Tuhan melalui Tri Dharma Perguruan Tinggi.  Adapun misinya adalah terwujudnya pergeseran paradigma "ideologi gender" berdasarkan konsep lokal yang mendorong perubahan sosial yang egaliter dalam berbagai aspek kehidupan. Perubahan relasi perempuan dan laki-laki mengarah pada relasi yang bersifat "equal partnership and equal interdepency". 

Fokus program riset-aksi dari pusat studi ini adalah : 1) Keluarga dan pola asuh dalam keluarga; 2) Seksualitas dan kesehatan reproduksi; 3) Industrialisasi berbasis sistem "putting-out" dan dampaknya terhadap lingkungan; 4) Pendidikan berperspektif gender melalui jalur pendidikan formal, non formal dan informal; 5) Ketenagakerjaan dan pengembangan sumberdaya manusia; 6) Gender, inovasi dan teknologi; 7) Gender dalam pembangunan; 8) Gender dan globalisasi; 9) Gender dan politik; 10) Gender, energy, dan lingkungan; 11) Kekerasan terhadap anak dan perempuan.

Sebagai suatu bangsa yang majemuk, Indonesia memiliki kekayaan budaya dan agama, baik agama-agama dunia maupun agama asli. Sebagai suatu bangsa yang menghargai kemajemukan sebagaimana nampak dalam semboyan Bhineka Tunggal Ika, kemajemukan agama itu juga harus dihargai.

Perlakuan khusus pemerintah terhadap agama-agama yang berasal dari luar Indonesia yang dilakukan lewat Kementerian Agama telah menyebabkan agama-agama Asli Indonesia, diperlakukan sebagai anak tiri dirumah sendiri. Akibatnya, orang tidak memiliki pemahaman yang baik tentang agama-agama Asli Indonesia.

Pusat Studi Agama-agama Asli Indonesia bermaksud untuk melakukan studi tentang agama-agama Asli Indonesia dan memperkenalkannya kepada masyarakat Indonesia dan dunia internasional. Dalam segala keberadaannya, agama-agama Asli Indonesia ini merupakan suatu kekayaan kerohanian tersendiri yang perlu dipahami. Pusat Studi Agama-agama Asli Indonesia diadakan dengan tujuan untuk memperkenalkan agama-agama Asli Indonesia ini secara tepat. Pemahaman yang tepat terhadapnya diharapkan dapat memberikan sumbangsih bangsa Indonesia bagi umat manusia.

Pusat Studi Bahasa dan Sastra (PSBS) merupakan pusat kajian pendidikan bahasa dan sastra yang menjadi unit fungsional Fakultas Bahasa dan Sastra, Universitas Kristen Satya Wacana, Salatiga.

Visi dari Pusat Studi Bahasa dan Sastra ialah menjadi wadah pengkajian masalah-masalah pendidikan dan pengajaran bahasa dan sastra.

Misi dari Pusat Studi Bahasa dan Sastra ialah menunjang kegiatan Tri Dharma Perguruan Tinggi Fakultas Bahasa dan Sastra yang meliputi pengajaran, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat.

Dalam bidang pendidikan, PSBS melaksanakan kegiatan pemberdayaan staf dan mahasiswa melalui pelatihan, workshop, diskusi, atau seminar tentang isu-isu pendidikan dan pengajaran bahasa Inggris.

Dalam bidang penelitian, PSBS  melakukan penelitian tentang pendidikan dan pengajaran bahasa Inggris dalam skala lokal, regional, dan nasional.

Dalam bidang pengabdian kepada masyarakat, PSBS  melakukan kegiatan pengabdian untuk menerapkan hasil-hasil penelitian dan perkembangan-perkembangan baru dalam pendidikan dan pengajaran bahasa Inggris dalam skala lokal, regional, dan nasional. 

Pusat Studi tersebut didirikan dengan tujuan pertama, mengembangkan modal dasar manusia (Human Capital Development) dalam  rangka melaksanakan Tri Dharma Perguruan Tinggi, yang meliputi pendidikan dan pengajaran, penelitian, dan pengabdian pada masyarakat. Kedua, membina  jejaring,  komunikasi,  dan interaksi di antara  pihak pemerintah, dunia industri, maupun masyarakat secara luas dengan perguruan tinggi (UKSW). Ketiga, membantu menciptakan lulusan sarjana strata (S0) dan strata 1 “plus” dari UKSW  yang berkualitas dan siap kerja serta dapat menjadi wirausaha muda, yang memiliki kemampuan hard skills dan kemampuan soft skills, humanistic skills, dan professional skills seperti character building,  comparative advantage, talent base, kompetensi, komitmen, dan sikap kerja serta etos kerja yang tinggi,  sehingga mereka  mampu bersaing secara kompetitif di dunia kerja maupun menciptakan lapangan kerja untuk diri sendiri dan atau orang lain secara  terpadu dan berkelanjutan (sustainable).

Ketiga tujuan tersebut dapat digunakan untuk menjawab    berbagai tantangan dan permasalahan “pengangguran” yang dihadapi oleh para alumni UKSW secara khusus dan berbagai Perguruan Tinggi di Indonesia pada umumnya.