Menurut struktur organisasi, Biro Administrasi Akademik (BAA) Universitas Kristen Satya Wacana bertanggungjawab langsung kepada Pembantu Rektor I bidang akademik. BAA membawahi Biro Admisi Registrasi (BARA) dan Bagian Nilai, Ijazah, Wisuda (NIW). Secara umum Biro Administrasi Akademik mempunyai tugas memberikan layanan administrasi di bidang akademik di lingkungan universitas.

Proses bisnis mulai dari admisi dan diakhiri dengan wisuda, tidak terlepas dari urusan administrasi akademik. Pengetahuan tentang administrasi akademik ini mutlak diketahui oleh setiap mahasiswa, karena penguasaan tentang pengetahuan ini menjadi salah satu kunci kesuksesan dalam pendidikan.

Biro Adminsitrasi Akademik memiliki fungsi dan tujuan diantaranya merancang, melaksanakan dan mengendalikan jalannya Sistem Administrasi Akademik (SAA); mengevaluasi, mengkoordinasi pelaksanaan Admisi; menyusun Kalender Akademik; mengkoordinir pelaksanaan wisuda; melayani informasi kepada orang tua/wali mahasiswa, mahasiswa, dosen, pimpinan UKSW, fakultas, masyarakat, dan lembaga yang berkaitan dengan kegiatan, akademik  maupun administrasi yang bersifat umum. Selain itu biro ini juga bertanggung jawab terhadap proses registrasi mahasiswa termasuk  registrasi mata kuliah, sampai proses  wisuda dan menerima ijazah sebagai tanda kelulusan.

Biro Kemahasiswaan atau yang disingkat Bikem adalah lembaga di bawah Kantor Pembantu Rektor IIII yang menangani bidang kemahasiswaan. Dalam melaksanakan tugasnya, Bikem melaksanakan fungsi manajerial (perencanaan, pengorganisasian, pengarahan dan pengawasan serta pelaporan) dan menangani administrasi kegiatan meliputi Pelayanan Mahasiswa, Pengembangan Mahasiswa dan Kerohanian Kampus.

Layanan mahasiswa mencakup bidang keuangan, kesehatan dan pemondokan. Untuk bidang keuangan, layanan yang diberikan berupa pemberian beasiswa, dispensasi pembayaran uang kuliah, bantuan keuangan dan bantuan terprogram mahasiswa berprestasi (olahraga, seni dan penalaran). Beasiswa yang ada di UKSW terdiri dari beasiswa sumber UKSW, Pemerintah, Perusahaan atau perorangan, sumber lain dari luar negeri. Layanan kesehatan berupa pemeriksaan dokter, rawat tingkat pertama dan rawat inap. Sedangkan untuk layanan pemondokan diberikan fasilitas asrama.

Selain itu, Bikem juga mengkoordinasi kegiatan kemahasiswaan melalui Lembaga kemahasiswaan (LK) UKSW. LK terdiri dari Badan Perwakilan Mahasiswa Universitas (BPMU) dan Badan Perwakilan Mahasiswa Fakultas (BPMF) yang merupakan lembaga perwakilan; serta Senat Mahasiswa Universitas (SMU) dan Senat Mahasiswa (SEMA) Fakultas yang berfungsi sebagai lembaga eksekutif. Di fakultas yang memiliki program studi lebih dari satu, dibentuk Himpunan Mahasiswa Program Studi (HMP). Dalam melaksanakan tugasnya, universitas dan fakultas mengalokasikan dana untuk pelaksanaan program Lembaga Kemahasiswaan.

Biro Promosi dan Hubungan Luar atau biasa disingkat BPHL adalah unit di bawah kantor Pembantu Rektor IV Universitas Kristen Satya Wacana (UKSW) yang bertugas untuk mengelola dan mengembangkan sistem dan program promosi universitas serta mengelola Public relations (humas)  UKSW dalam upaya untuk meningkatkan citra universitas di mata publik.

Dalam melaksanakan kegiatannya, BPHL menjalin kemitraan dengan pemerintah, gereja, sekolah, industri dan alumni. Selain itu BPHL juga membawahi Satya Wacana Career Centre and Alumni (SWCA) yang mengelola dan mengembangkan bursa kerja bagi alumni melalui jejaring dan komunikasi dengan perusahaan dan para pengguna alumni. Komunikasi yang berkesinambungan dengan alumni juga merupakan salah satu hal penting yang dilakukan SWCA untuk menangani pelacakan dan pengelolaan umpan balik dari para alumni.  Semua ini dilakukan untuk meningkatkan kualitas dari para lulusannya agar dapat memenuhi kebutuhan yang ada di masyarakat.

Pusat Penjaminan Mutu Akademik (PPMA) Universitas Kristen Satya Wacana dibentuk pada bulan Maret 2006 dan secara efektif mulai berjalan mulai 1 April 2006. Sebelumnya ada dua biro yaitu Sumber Daya Dosen (SDD) dan Akreditasi telah dilebur, sehingga tugas dan tanggung jawab biro-biro tersebut dialihkan pada kantor PPMA di bawah koordinasi Pembantu Rektor I bidang Akademik.

Visi PPMA adalah menjadi unit penjaminan mutu yang handal dalam implementasi sistim manajemen mutu akademik di Universitas Kristen Satya Wacana. Sedangkan misi PPMA adalah memastikan implementasi sistim manajemen mutu di seluruh unit di lingkungan Universitas Kristen Satya Wacana berjalan dengan kualitas prima.

Tujuan PPMA meliputi menjamin dan mengawal implementasi sistim manajemen mutu di semua unit di lingkungan Universitas Kristen Satya Wacana; melakukan monitoring, pengukuran dan evaluasi terhadap implementasi sistem manajemen mutu dan pencapaian standar mutu akademik dan memfasilitasi layanan peningkatan Jabatan Fungsional Akademik kepada sumber daya dosen khususnya melaksanakan peraturan-peraturan baru dari DIKTI dan Kopertis Wilayah VI dalam rangka meningkatkan kompetensi melaksanakan Tri Darma Perguruan Tinggi

Sebagai lembaga penjaminan mutu di tingkat universitas, PPMA mempunyai tanggung jawab untuk menyusun sistim manajemen mutu, menjamin pelaksanaan sistim manajemen mutu, dan melakukan evaluasi, dan terus-menerus meningkatkan serta mengembangkan sistim penjaminan mutu, baik itu pada tingkat universitas hingga program studi dan sumber daya dosen.